El 12 de diciembre de 2008 fue detenido por agentes del FBI en su apartamento de Manhattan, en Nueva York, tras ser denunciado por sus dos hijos.
Según los documentos aportados a los tribunales que le juzgan, fue el mismo quien cifró en 50.000 millones de dólares la cuantía de la estafa que, al parecer, puso en marcha dos décadas antes mediante un esquema Ponzi o sistema piramidal por el que prometía rentabilidades próximas al 10 por ciento, que pagaba con los ingresos de otros clientes.
Su éxito financiero estaba basado en la confianza y el secretismo de sus clientes, a los que exigía discreción pese a no darles ninguna explicación sobre la inversión de sus fondos, que obtenían un buen rendimiento incluso en condiciones adversas del mercado.
El juez federal de la Corte del Distrito Sur de Nueva York Gabriel Gorenstein ordenó su arresto domiciliario bajo fianza de diez millones de dólares, la retirada del pasaporte y otras medidas judiciales.
La estafa se descubrió cuando algunos de sus clientes, acuciados por la crisis financiera internacional, pretendieron recuperar parte de sus inversiones a las que Madoff no pudo hacer frente por carecer del capital necesario para afrontar los pagos.
Entre los afectados se encuentran algunos de los bancos más importantes del mundo y grandes fortunas, principalmente de la comunidad judía de Nueva York y Florida.
Impacto en España
En España, algunos de los defraudados han sido Alicia Koplowitz, Juan Abelló o las familias Holenlohe, Suñer o Lladró. El 16 de diciembre de 2008, la Comisión Nacional del Mercado de Valores cifró en 106,9 millones de euros la exposición de los fondos y de los vehículos de inversión españoles a la presunta estafa de Bernard Madoff. Entre las entidades más afectadas están el Banco Santander, a través de Optimal Strategic, y el BBVA.
Tras estallar el escándalo, el presidente de la SEC, Christopher Cox, reconoció «múltiples fallos» a la hora de supervisar las actividades del financiero, del que constan denuncias desde 1999.
El 18 de diciembre de 2008, la SEC llegó a un acuerdo parcial con Madoff para que las demandas civiles contra él se lleven en procesos separados del caso criminal.
La SEC anunció el pasado 9 de marzo que hacía permanente el acuerdo del 18 de diciembre al tiempo que anunciaba que los activos de Madoff continuaban congelados, en un paso hacia la resolución de las demandas civiles contra el financiero.
Tres días más tarde, Madoff se declaró culpable de once cargos económicos ante el juez del Tribunal Federal del distrito sur de Manhattan Denny Chin, que revocó la libertad condicional de que gozaba y ordenó su ingreso en prisión hasta que dicte sentencia el 16 de junio.
La Fiscalía también le considera culpable de haber facilitado información falsa a la SEC (siglas en inglés del órgano regulador estadounidense), de haber robado fondos de inversión de trabajadores y de tres presuntos delitos de lavado de dinero, por los que podría ser condenado a un máximo de 150 años de prisión.
El 23 de junio, Ira Lee Sorkin, el abogado de Madoff, anunció que el próximo 29 de junio, cuando se conozca la condena, su cliente hablará ante el juez Denny Chin sobre «la vergüenza que ha sentido y el daño que ha causado» con la aplicación del esquema Ponzi, por el que presuntamente estafó unos 65.000 millones de dólares a sus clientes.
También informó de que ha solicitado al juez que tenga en cuenta los 71 años de edad de Madoff y la colaboración que ha prestado para que le imponga a su defendido «una pena de 12 años de prisión -en la práctica una especie de cadena perpetua-, pues de este modo se cumpliría con los objetivos de disuasión, protección pública y fomento del respeto por la ley».
El 29 de junio de 2009 fue condenado a 150 años de prisión por montar y mantener durante más de dos décadas un fraudulento esquema de inversiones calculado en más de 50.000 millones de dólares.